知县为一县的最高长官，凡钱粮、刑名、治安、教化等无不综理。一个县中，入流和未入流官员的配置十分有限，总的原则是根据该县的政务繁简而定。
从编制上来说，以知县为首的正印官之下，设佐贰、首领、杂职三类官。
县佐贰官主要有县丞、主簿两个岗位。县丞，秩正八品，出身普遍不高，一般为恩拔贡生，或是由布政使照磨、府知事、汉军九品笔帖式，以及各县主簿升任。
县丞的出路亦不佳，按照清代的官制，县丞例升京县县丞、京府经历、布政司理问、按察司经历、各州州判。当然，县丞也可以升任外县知县，但以佐贰升正印的情况，并非常态。
从品级和职掌来看，县丞是二把手，所以人们习惯性称其为“二尹”。县丞或与知县同城办公，或分理专业事务，比如赋税、河道、治安、户籍、巡捕等。
一般来说，县丞驻外的情况较为多见，于本县冲繁之处单独设立衙署办公。需要注意的是，县丞这个职务比较特殊，在清代官方文献中，有“河务县丞”、“治水县丞”、“赋税县丞”的头衔。
其中最常见的就是河务县丞，这一类县丞是受双向领导的，既要听命于本县知县，还要对河道系统负责。所以在河道官系统中，我们常见有很多州县佐贰官担任河务官。
比如永定河北岸厅，就下设武清县北上汛、北中汛，这些地方委派的官员就是县丞。而县丞一旦分管河务，那么办公衙署就设在河道上，这个衙署就称为“汛”。
在实际操作中，县丞一旦分管河务，那么就不再负责一般的行政事务，这是需要注意的地方。
再来说主簿。主簿、秩正九品，出身也都以监贡生为主，性质大致与县丞类似。一个县中如果皆设县丞、主簿，那么主簿就是三把手，俗称“三尹”。用现在的话来说，知县是县委书记兼县长，那么县丞就是常务副县长，主簿是一般的副县长。
从工作性质来看，主簿和县丞并无区别，大多数情况下，都被知县外派分管某一方面的行政事务，同样也有隶属河道的主簿。
县丞、主簿不是标配，有的县既设县丞也设主簿，有的县只设县丞而无主簿，有的县则县丞、主簿皆不设。
根据光绪朝《大清会典》的记载，各省县丞、主簿的设置情况如下：
直隶县丞10人，无主簿；山东县丞31人、主簿2人；山西县丞6人、主簿1人；河南县丞17人、主簿1人；江苏县丞29人、主簿14人；安徽县丞15人、主簿4人；江西县丞48人、主簿2人；福建县丞23人、主簿1人；浙江县丞45人、主簿11人。
又，湖北县丞18人、主簿4人；湖南县丞14人、主簿1人；陕西县丞18人、主簿3人；甘肃县丞9人、主簿2人；新疆县丞1人；四川县丞18人、主簿3人；广东县丞20人、主簿2人；广西县丞9人、主簿2人；云南县丞3人；贵州县丞9人、主簿1人。
全国各省总计：县丞345人、主簿55人。这个数字不及知县数量的三分之一。
但是也有个别县的情况特殊，比如河南祥符，就有两个县丞和两个主簿，其中只有一个县丞是负责一般性行政事务的，其他一个县丞和两个主簿，都属于河道系统官。
再如直隶武清县，设三个县丞和两个主簿，但这五个佐贰官，都是专管河务的。只有江苏的元和县所设两个县丞和一个主簿，才是正式的佐贰官。
江苏、浙江两省县佐贰官的数量较多，这与它们的经济发达不无关系。以“冲、繁、疲、难”的标准来看，江浙两省的县，大多是四字最要缺和三字要缺县，行政事务较一般的县更重。
县的首领官只有典史（州杂职称吏目）一个岗位，典史属于未入流官，很多文献中称典史为“典狱官”，主掌监察狱囚诸事。办公地点一般都设在距离监狱不远处，衙署名称为“捕厅”。
凡是不设县丞和主簿的县，典史就相当于县丞、主簿。光绪时期，全国的知县共有1314名，而典史就有1307人，基本上是每县一人。
按清代定制，凡知县、县丞、主簿等正佐官不在本县，典史可以代行其职责。但这种情况不多见，即便是知县不在家，典史也仅是临时主持工作，遇重大事务不能擅自做主。
杂职官的种类就很多了，最重要的当属巡检。巡检、秩从九品主要的职责是驻守治安不好的地区，以缉捕为主要工作职责，人们称其为“少尹”，和现在的乡镇派出所类似。
其他杂职官还有很多，包括负责驿站的驿丞、负责征税的税课司大使、负责管理粮仓的仓大使、负责看守水闸的闸官、负责征收渔税的河伯所官，以及医官、僧道官等等。以上所有杂职皆属未入流。
除了以上各官外，每个县还设教职官员，但是清代的教育系统又是相对独立的，各府、州、县的教官，直接受学政的领导，知县与教官不属于上下级关系，只是在遇到有关学校、生员事务时，才会同教官共同处理。
清代的州县佐贰、首领及杂职官地位很低，权力也有限，他们不能受理词讼，即便是工作职责内的事务，也得知县做主。所以人们常把他们称为“闲曹”或“冗官”。
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